Für interdisziplinäre und längerfristige Fragestellungen können Mitglieder des Instituts innerhalb der Sektionen Arbeitskreise einrichten, in denen unter Beteiligung auswärtiger Wissenschaftler in regelmäßigen Sitzungen Forschungsthemen systematisch erörtert werden. Die Arbeitskreise dienen insbesondere der Pflege eines Netzwerks von Wissenschaftlern in dem jeweiligen Forschungsgebiet. Sie stellen neue Instrumente in der Forschungstätigkeit des Instituts dar, welche zusammen mit der Korrespondierenden Mitgliedschaft akademieähnliche Elemente in die Arbeitsweise des Forschungsinstituts einführen. Die Arbeitskreise fügen sich in das jeweilige Forschungsprogramm der Sektionen ein.
In der Sektion II wurden bislang noch keine Arbeitskreise eingerichtet. Vorbildcharakter hat der Arbeitskreis „Deutsche Verwaltung an der Wende zum 21. Jahrhundert“, der sog. „Arbeitskreis 21“, den Univ.-Prof. Dr. Dr. König ins Leben gerufen hat und der von ihm wissenschaftlich geleitet wurde.